U proizvodnji hrane, pa tako i pekarskih proizvoda, najvažnija je zadaća proizvesti zdravstveno ispravan proizvod. Biološke, fizičke i kemijske opasnosti su ono što može ugroziti proizvod i pretvoriti ga u potencijalno štetnoga za zdravlje potrošača. Zato je važno provoditi mjere koje će te opasnosti svesti na minimum. To podrazumijeva provođenje preduvjetnih programa i HACCP načela. Uspostava HACCP sustava zakonska je obveza svakog subjekta koji posluje s hranom. Tako su i pekarski pogoni morali uspostaviti HACCP sustav, koji je glavni preduvjet za proizvodnju sigurnih pekarskih proizvoda. HACCP je složen sustav koji je podložan modifikacijama, ovisno o stanju objekata u kojima se provodi. Za njegovo pravilno funkcioniranje prvo je potrebno uspostaviti preduvjetne programe. Oni podrazumijevaju sve radnje koje nisu obuhvaćene provedbom HACCP-a. Ovaj rad detaljnije opisuje tri preduvjetna programa, a to su: postupci pranja, čišćenja i dezinfekcije, kontrola štetnika i edukacija djelatnika. Svi preduvjetni programi jednako su važni i potrebno im je posvetiti jednaku pozornost prilikom primjene u objektima koji posluju s hranom. HACCP tim je glavni i odgovorni za vođenje HACCP sustava. On se prije implementacije sustava mora upoznati s koracima u proizvodnji pekarskih proizvoda kako bi mogao prepoznati potencijalne opasnosti prilikom proizvodnje. HACCP tim zatim uspostavlja kritične kontrolne točke i kontrolne točke na svim fazama proizvodnje tijekom kojih može doći do ugrožavanja zdravstvene ispravnosti proizvoda pa se kao takve moraju nadzirati. Za svaku kritičnu kontrolnu točku i kontrolnu točku potrebno je utvrditi kritične granice kako bi se tijekom njihova praćenja moglo utvrditi jesu li pod kontrolom. Ako se uspostavi da su kritične granice prijeđene, potrebno je pokrenuti korektivne radnje. Za sve postupke koji se provode u svrhu proizvodnje ispravnog proizvoda, moraju se voditi zapisi i sve se mora dokumentirati. Tim postupcima omogućava se uvid u sve provedene radnje u procesu proizvodnje, a služe za verifikaciju HACCP sustava. Cilj verifikacije je potvrditi da HACCP sustav djeluje učinkovito.