Klaustrofobija je anksiozni poremećaj koji se javlja kod određenih osoba u malenom i zatvorenom prostoru kao što su dizalo, podrum i slično. Uređaj za magnetsku rezonanciju jedno je od mjesta gdje se ljudima javlja osjećaj klaustrofobije zbog izrazito uskog prostora u koji se pacijent uvlači za vrijeme pretrage te je upravo to jedan od glavnih razloga prekida pretrage. Intenzitet anksioznosti koji pacijenti osjete ovisi o vrsti pretrage i položaju u koji je pacijent postavljen. S obzirom da je magnetska rezonancija bitna pretraga, posebice kod mekih tkiva, pokušavaju se pronaći načini kako bi se pacijentima s klaustrofobijom što više ublažio doživljaj pretrage. Prvi način na koji se to postiže su detaljan informativni razgovor koji se s pacijentom obavlja prije pretrage i u kojem mu se objašnjava način na koji se pretraga odvija i što sve može očekivati. Pacijenti dobiju pumpicu tijekom pretrage u ruku koju u bilo kojem trenutku mogu stisnuti kako bi prekinuli pretragu u slučaju napada panike ili bilo kakvog problema. Kao metode redukcije klaustrofobije tijekom pretrage koriste se sedacija ili opća anestezija, čepići za uši, glazba i audiovizualni podražaji. Klaustrofobija se može reducirati i prije same pretrage pomoću tehnologije za virtualnu realnost gdje se pacijenti polako privikavaju na MR uređaj preko simulacije na VR naočalama. Još jedna od opcija jest otvoreni uređaj za magnetsku rezonanciju, no on nije u širokoj primjeni i, iako je prednost što je klaustrofobija puno manje izražena, snimke su kod njega manje rezolucije te je teže otkriti promjene u tkivima.