Mikotoksini su visokotoksični kontaminanti hrane koji nastaju kao sekundarni produkti određenih vrsta plijesni. Kao jedan od najistraživanijih mikotoksina, aflatoksin ima visoko toksično, mutageno, teratogeno i karcinogeno djelovanje, te stoga pridaje posebnu pozornost. Najčešći aflatoksin u mlijeku i mliječnim proizvodima je aflatoksin M1 (AFM1), koji je dobiven hidroksilacijom aflatoksina B1. Ukoliko je krava konzumirala hranu zagađenu aflatoksinom B1, u jetri dolazi do njegove biološke razgradnje u aflatoksin M1, koji će se izlučivati u mlijeku putem mliječnih žlijezda. Razina AFM1 u mlijeku i mliječnim proizvodima mora se kontrolirati, a najveća dopuštene količina AFM1 za Republiku Hrvatsku propisana je u Uredbi komisije (br. 1881/2016) o utvrđivanju najvećih dopuštenih količina određenih kontaminanata u hrani, te iznosi 0,05 μg/kg. Prevenciju pojavnosti AFM1 u mlijeku i mliječnim proizvodima moguće je smanjiti redovnim kontroliranjem usjeva i uvjeta skladištenja samih krmiva koji češće podliježu kontaminacijom aflatoksina B1. U sedam prikupljenih uzoraka mlijeka tijekom kolovoza 2022. godine, s mljekomata na području Grada Zagreba, koncentracija AFM1 za sve uzorke iznosila je manje od 0,01 μg/kg, što je u skladu s propisanim vrijednostima za RH.