Za postavljanje patohistološke dijagnoze, uz standardno bojenje tkiva hemalaunom i eozinom povremeno se koriste posebne metode bojenja među koje spadaju i histokemijske metode bojanja. Histokemijske metode bojenja nam ističu određene tvari koje mogu biti posljedica poremećenog metabolizma ili se nakupljaju pod utjecajem vanjskih čimbenika. Ove tvari mogu se nakupljati u staničnoj citoplazmi ili u tkivu. Osnovni zahtjevi histokemijske reakcije moraju imati tvar, proizvod, reakciju, primijenjenu metode te postupak koji ne smije blokirati reaktivne skupine. Danas se najčešće primjenjuju sljedeća bojajnja: Mallory, Gomory, PAS i Giemsa. Gomorijeva metoda je za rutinsku demonstraciju željeza koja detektira male količine željeza. Van Kossa metoda se često primjenjuje za proučavanje kosti i okoštavanje. Uzmanova metoda koristi se za bakra. Fontanna-Masson metoda primjenjuje se za dokazivanje melanina. Hallova metoda služi za dokazivanje bilirubina. May-Grunwald Giemsa metoda se koristi za dokazivanje različitih vrsta stanica. Sudan-crna B metoda služi za dokazivanje lipida. Feugenovom metodom može se odrediti količina DNA u staničnim jezgrama. Malloryeva metoda nam je vrlo korisna za diferenciju stanica hipofize. PAS metoda koristi se za prikaz bazne membrane, hifa i spora gljivica te sluzi koja se nalazi u određenom tipu stanica kao i u tumorima koji iz njih nastaju. Alcijan plava metoda koristi se za bojenje kiselih polisaharida. Temeljno bojenje u patohistološkoj dijagnostici je hemalaun-eozin (HE). Tim bojenjem zbog dobrog kontrasta crvene i plave boje dobro se prikazuju stanični elementi i međustanična tvar. Kemijskim reakcijama nastaju netopivi složeni sastojci koji se mogu promatrati svjetlosnim ili elektronskim mikroskopom. Također svaka metoda je zasebno bitna u svrhu postavljanja patohistološke dijagnoze. Postaviti pravu dijagnozu je vrlo važno zbog praćenja tijeka terapije kako bi pacijentu što prije pomogli u liječenju bolesti.