U Hrvatskoj se već 35 godina zajedničkim radom zdravstvene službe i mnogobrojnih sudionika izvan zdravstva kontinuirano i intenzivno provode mjere sprečavanja, suzbijanja i liječenja HIV/AIDS-a prema Programu mjera zdravstvene zaštite, Hrvatskom Nacionalnom programu za prevenciju HIV/AIDS-a i posebnim preventivnim programima (programi Rada centara za dobrovoljno, anonimno i besplatno savjetovanje i testiranje na HIV i Poboljšanja praćenja HIV infekcije) koji uz praćenje HIV infekcije, uključuje i dodatna epidemiološka istraživanja prisutnosti HIV-a u grupama povećanog rizika, nadzor nad ostalim spolno prenosivim infekcijama i praćenje rizičnog ponašanja za HIV. U okviru mjera prevencije HIV/AIDS-a neprekidno se prati broj oboljelih od HIV/AIDS-a, analizira epidemiološko stanje u zemlji, provodi nadzor nad krvi, imunobiološkim lijekovima i hospitalnim infekcijama, prevencija i liječenje oboljelih, a povrh svega edukacija čitave populacije i posebno mladih i osoba s rizičnim ponašanjima. Sve aktivnosti koje se u Hrvatskoj kontinuirano provode imaju za cilj održati relativno povoljnu epidemiološku situaciju, smanjiti broj novooboljelih od HIV/AIDS-a u budućnosti, te unaprijediti skrb za zaražene osobe i osobe u povećanom riziku za infekciju. Godišnji broj zaraženih HIV-om svrstava Hrvatsku među zemlje niske učestalosti HIV-a, HIV infekcija i AIDS-a. Unutar Hrvatskog zavoda za javno zdravstvo djeluje Služba za epidemiologiju zaraznih bolesti koja uz ostale zarazne bolesti, prati epidemiju HIV-a u Hrvatskoj od samih početaka. Svake godine izdaje Hrvatski zdravstveno-statistički ljetopis koji predstavlja najvažniju publikaciju o statistici svih zaraznih bolesti pa tako i HIV/AIDS-a u Hrvatskoj. Zbog te referentne publikacije, ali i ostalih istraživanja i programa koje Zavod provodi, Hrvatski zavod za javno zdravstvo je jedna od centralnih ustanova za praćenje HIV/AIDS-a u Hrvatskoj.