Bioinformatički alati koriste za bolje razumijevanje bioloških podataka sa ciljem boljeg razumijevanja genetskih bolesti, dizajniranja novih lijekova, za individualizirano liječenje itd. Podatke o redoslijedu dušičnih baza u molekulama dobivamo sekvenciranjem koje je kroz godine napredovalo do brzih i prijenosnih metoda. Osnova obrade bioloških podataka poravnanje je sljedova kojim možemo doznati strukturne, funkcionalne i evolucijske veze među promatranim biološkim sljedovima. Ilustrativna metoda poravnanja je točkasta matrica pri kojoj se u dvodimenzionalnome grafu generiraju točkice koje označavaju podudarnost. Algoritmi bazirani na dinamičkome programiranju koriste sustave za bodovanje slaganja, neslaganja i praznina kako bi došli do optimalnog poravnanja koje ima najveći zbroj vrijednosti. U alatima koji služe za brzu pretragu baza podataka (npr. BLAST) koristi se heuristički pristup u kojem se riječi određene duljine uspoređuju sa bazom te se potom dinamičkim programiranjem biraju statistički značajna podudaranja. Višestruko poravnanje daje nam širu sliku o povezanosti promatranih sljedova stoga se koristi u filogenetskoj analizi i pri stvaranju filogenetskih stabala kojima prikazujemo hipoteze o evolucijskim odnosima bioloških organizama.