Klinička citologija je dijagnostička medicinska struka koja pomoću analize citoloških uzoraka pod svjetlosnim ili faznim mikroskopom prepoznaje fiziološka stanja te dijagnosticira razne benigne, premaligne i maligne patološke procese gotovo svih organa i organskih sustava. Citologija je neraskidivo vezana s klinikom i najbolji rezultati dobivaju se u uskom kontaktu pacijenta, kliničara raznih specijalnosti i citologa. Citologija je minimalno invazivna i brza metoda, a citološki uzorci prikladni su i za dodatne analize (imunofenotipizacija, citogenetika, molekularna analiza). Posebnu pažnju treba posvetiti pravilnom uzimanju uzoraka i pripremi preparata, i neophodno je da svaku fazu dijagnostičkog postupka izvode primjereno educirani zdravstveni djelatnici. Citološki tim čine citolog, citotehnolozi (citotehničari, citoskrineri), laboranti, laboratorijski inženjeri. Citološki se pregledava prvenstveno epitel kanalnog sustava (eksfolijativni uzorci), kao i punktati bubrega, prostate i regionalnih limfnih čvorova. Eksfolijativna citologija mokraćnog sustava obuhvaća analizu spontano izmokrenog urina te urina dobivenog prilikom cistoureterorenoskopije ili lavaže mokraćnog mjehura. Najkvalitetniji uzorak urina za citološku analizu je spontano izmokreni urin. Treba, međutim, naglasiti da prvi jutarnji urin nije pogodan za citološku analizu, jer urin nije medij u kome stanice mogu ostati dugo sačuvane. Zato je potrebno uzeti bilo koji uzorak svježe izmokrenog urina osim prvog jutarnjeg. Urin za citološku analizu ne donosi se od kuće, već se uzima neposredno prije obrade, u citološkom laboratoriju. Citološku analizu urina najbolje je učiniti na samom početku dijagnostičkog postupka, prije bilo kakvih instrumentacija (cistoskopija) ili kontrastnih radioloških pretraga (intravenska urografija). Svi ti zahvati dovode do reaktivnih promjena na stanicama urotela, koje otežavaju interpretaciju nalaza i nose opasnost od lažno pozitivnih nalaza. Vrlo važan podatak je i onaj o kamencima u kanalnom sustavu uočenim na UTZ-u ili drugoj slikovnoj analizi, jer prisutnost kamenaca dovodi do reaktivnih promjena stanica urotela i pojave hematurije. Spontano izmokreni urin uobičajeno je uzimati kroz 3 dana. To stoga što neke patološke promjene na sluznici urotrakta ne deskvamiraju kontinuirano stanice sa svoje površine, a i hematurija je često intermitentna, pa analiziranje većeg broja uzoraka povećava osjetljivost metode. Jedna od najčešćih indikacija za citološku pretragu urina je nalaz eritrocita u urinu, bilo da se radi o mikrohematuriji kao slučajnom nalazu pri sistematskim i sličnim pregledima, ili o pacijentima sa simptomima vezanim uz mokraćni sustav (dizurične smetnje, bolovi, makrohematurija). Citološkim pregledom mogu se uočiti tzv. dismorfični eritrociti, eritrociti promijenjenog oblika kao posljedica prolaska kroz glomerularnu membranu. Nalaz većeg broja takvih eritrocita u sedimentu urina ukazuje na glomerularno podrijetlo eritrocita, dakle na patologiju bubrežnog parenhima, a ne kanalnog sustava. Na temelju takvog nalaza pacijenta se usmjerava na nefrološku, a ne urološku obradu. U sedimentu urina često se nalaze upalne stanice, a mogu se uočiti i uzročnici (bakterije, spore i hife gljivica, trihomonas), kao i citopatski efekt nekih virusa (polioma virus, citomegalovirus), što je osobito značajno u praćenju pacijenata po transplantaciji bubrega. Jedna od najvažnijih indikacija za citološku pretragu urina je i rano otkrivanje tumora kanalnog sustava. Jedan od problema u praksi jest neujednačena terminologija citoloških nalaza urina među samim citolozima i citološkim laboratorijima u Hrvatskoj, ali i u svijetu. Kao pokušaj rješenja predložena je tzv. Pariška klasifikacija lezija urotela putem koje se želi standardizirati morfološka terminologija kako bi se mogle osmisliti adekvatne smjernice za ranu dijagnostiku i praćenje premalignih i malignih promjena urotela. Karcinomi prijelaznog epitela često recidiviraju, a pojavljuju se i multicentrično, simultano ili unutar kraćeg ili dužeg vremenskog perioda. Zbog toga je redovito citološko praćenje pacijenta značajno za rano otkrivanje recidiva ili pojave novog tumora urotela.