Hidroterapija kao fizioterapijska intervencija može se primjenjivati u gotovo svim medicinskim područjima. Fizikalna, termalna i kemijska svojstva vode mogu se iskoristiti za poboljšanje mišićne funkcije, posturalne stabilnosti i balansa, funkcionalnijeg obrasca hoda, povećanje mišićne snage, jakosti i izdržljivosti te sprječavanje sekundarnih komplikacija poput kontraktura. Osim na mišićno – koštani sustav hidroterapija pozitivno djeluje na kardiovaskularni, respiratorni, gastrointestinalni sustav, metabolizam i središnji živčani sustav. Hidroterapija je u rijetkim stanjima kontraindicirana stoga ima široku primjenu. Osim klasične hidroterapije, razvili su se koncepti poput Halliwick i Ai Chi-a koji koriste promjene položaja, pomagala, vježbe disanja i relaksaciju za poboljšanje općeg stanja kao i za rješavanje konkretne problematike pacijenta. Neurologija kao grana medicine bavi se kompleksnim poremećajima središnjeg živčanog sustava, a pacijenti s oštećenjem središnjeg živčanog sustava susreću se ne samo sa motoričkom problematikom, nego i problematikom psihološkog stanja, boli, socijalizacije i poteškoćama u obavljanju aktivnosti svakodnevnog života. Moždani udar, spinalne ozljede, multipla skleroza, Parkinsonova bolest, neuromišićne bolesti i kraniocerebralne ozljede samo su neke od stanja kod kojih se hidroterapija može primijeniti u svrhu poboljšanja motoričkog statusa, pozitivnih psiholoških promjena, smanjenja boli, bolje participacije i što veće samostalnosti u svakodnevnom životu. Postoji velika baza istraživanja o djelovanju svojstava vode kao što su hidrostatski tlak, uzgon, viskoznost i termalna svojstva na određeno stanje i njihovu problematiku, kao i usporedbe vježbi u vodi i na „suhom“. Iako neki učinci nisu do kraja dokazani, ispitanici navode poboljšanja u svim pitanim aspektima. Hidroterapija se može provoditi kao samostalna fizioterapijska intervencija ili u kombinaciji s drugim fizioterapijskim intervencijama. Istraživanjima se pokazuje najbolja učinkovitost kombiniranjem hidroterapije i ostalih fizioterapijskih intervencija.